Pentru aceasta Dumnezeu l-a binecuvântat cu darul vindecării prin rugăciune şi mulţime mare de oameni s-au vindecat pentru îndrăzneala pe care o dobândise la rugăciune părintele Ioan. Spre sfârşitul vieţii, când puterile i-au slăbit şi nu mai putea să mai meargă spre credincioşi, aceştia veneau la Kronştadt din toate părţile Rusiei pentru vindecare, pentru sfat duhovnicesc şi pentru rugăciune. Catedrala din Kronştadt care putea adăposti câteva mii de persoane era mereu plină. În rugăciunile şi mijlocirile sale părintele Ioan nu făcea nici o discriminare; şi ereticii şi musulmanii şi evreii au primit vindecare prin rugăciunile sfântului Ioan.

           Criticat şi boicotat şi de alţi preoţi, de autorităţile locale şi uneori chiar de superiorii ierarhici, Sfântul Ioan a biruit prin rugăciune şi smerenie. Ultimele luni de viaţă a suferit dureri fizice groaznice. Cu toate acestea, în ciuda recomandărilor doctorilor a continuat să slujească zilnic Sfânta Liturghie. Sfântul Ioan mărturisea că cele 2 ore ale Sfintei Liturghii durerile îl abandonau. În ziua de 10 decembrie 1908 a săvârşit ultima Sfântă Liturghie şi a prevestit că va muri peste 2 zile. Într-adevăr în ziua de 20 decembrie 1908, dimineaţa, părintele Ioan a trecut la Domnul. Mitropolitul, 60 de preoţi, 20 de diaconi şi zeci de mii de credincioşi au prohodit pe Sfântul Ioan şi l-au depus într-o criptă din paraclisul mănăstirii Sfântului Ioan din Rila, din Petersburg. A fost canonizat în 1964 de către Biserica Rusă din emigraţie şi în 1990 de către Patriarhia Moscovei, fiind trecut în rândul sfinţilor ca „Sfântul şi Dreptul Ioan din Kronştadt, Făcătorul de minuni”.

             În predicile sale, Sfântul Ioan din Kronştadt accentua necesitatea desei împărtăşanii după practica Bisercii vechi, insistând pe valoarea unică a Sfintei Euharistii în dobândirea sfinţeniei, şi pe ipocrizia pretextului vansat, chipurile din „smerenie”, de cei ce refuzau să se împărtăşească mai des pentru că n-ar fi „pregătiţi”, sau „vrednici”. Acestora el le răspundea astfel: „Aceasta idee poate uneori ieşi dintr-o smerenie autentică, şi atunci ea nu va vătăma, desigur, unirea unor asemenea suflete cu Hristos, aşa cum aceast n-a fost vătămată de smerita judecată a lui Petru care I-a spus lui Hristos: „Ieşi de la mine, Doamne, căci sunt om păcătos” (Luca 5, 8). Însă trebuie să luăm aminte ca nu cumva sub acoperământul smereniei să se ascundă de fapt răceala noastră faţă de credinţă şi neînclinarea noastră de a ne schimba viaţa. Dacă nu eşti pregătit, nu fi zăbavnic în a te pregăti. Dacă eşti nevrednic, nimeni nu este vrednic de împărtăşire cu Cel Atotsfânt, fiindcă nimeni nu este fără de păcat. Însă şi s-a dat prilejul de a crede, de a te căi, a te schimba, a fi iertat şi a nădăjdui în bunăvoinţa Mântuitorului celor păcătoşi şi a Căutătorului celor pierduţi. Spui că eşti nevrednic. Zadarnic însă iei asupra ta răspunderea altuia: a da sau a nu da Tainele e datoria săvârşitorului, nu a primitorului Tainelor. Poate că eşti nevrednic, dar vrei oare să rămâi nevrednic? Dacă rămâi din nepăsare nevrednic de împărtăşirea cu Hristos în această viaţă, nu te expui primejdiei vădite de a rămâne nevrednic de împărtăşirea cu El şi în viaţa viitoare? şi dacă te temi de nevrednicia ta, cum se şi cade, şi vrei să scapi de ea, vei face aceasta depărtându-te de Hristos, de harul Său, de viaţa Lui? Nu e mai bine, nu e mai drept să-şi îndrepţi nevrednicia ta cât mai mult cu putinţă şi să te apropii de Hristos în Sfintele Taine ca să primeşti de la El tărie pentru o îndreptare mai desăvârşită şi izbândă în a bineplăcea lui Dumnezeu? Trăieşte, creştine, aşa ca sş primeşti recunoaştere de la Hristos în fiecare zi, fiindcă cel ce nu merită să-L primească zilnic, acela nu e vrednic să-L primească nici o dată pe an. Domnul găteşte cu mărinimie Ospăţull Său în Biserica Sa cea sfântă şi ne cheamă la Cina Sa, iar nouă ar trebui să ne fie ruşine să răspundem chemării Lui cu nerecunoştinţă: „Mă rog să mă ierţi” (Luca 14, 18). Trebuie să ne fie teamă de osânda: „Nunta e gata, dar cei poftiţi n-au fost vrednici” (Matei 22, 8). De aceea, fiecare să se ridice să ia parte cât mai des la Ospăţul Domnului cu frică pentru nevrednicia lui, dar cu credinţă în har şi milă, cu dragoste din inimă pentru Preadulcele Iisus, al Cărui Trup şi Sânge sunt Pâinea cea adevărată.” „A nu te împărtăşi multă vreme cu Sfintele Taine e o nenorocire; sufletul începe să răspândească duhoarea păcatului, puterea acestuia crescând pe măsura a cât timp nu ne cuminecăm cu Dătătorul-de-viaţă.” „Împărtăşindu-te cu Sfintele Taine, adu-ţi aminte neîncetat Cine se află în tine şi în Cine trebuie să fii. Împărtăşindu-te cu blândul şi neprihănitul Miel, trebuie să fii tu însuşi un miel fără de răutate şi fără de prihană; împătăşindu-te cu deplină-tatea tuturor bunătăţilor, nu trebuie să mai tânjeşti după bunătăţile pământeşti sau să le doreşti pentru semenii tăi; împărtăşindu-te cu Cel ce împărăşeşte întru cele înalte, cugetă şi tu la cele înalte, lăsând înţelepciunea pământească, trupească şi grăbindu-te spre limanul cel ceresc şi veşnic.”